Arme, Hände und Flügel:

Die Arme der Fledermäuse weisen eine stark verlängerte Speiche, Mittelhand- und Fingerknochen auf. Nur der Daumen hat seine kurze Form behalten und besitzt als einziger Finger eine Kralle.
Zwischen den Fingerknochen, den Armen und den Hinterbeinen bis zum Schwanz, spannt sich die Flughaut (Patagium), die sehr dehnbar und fest ist.
Die Flügelform gibt Aufschluss über das Flugverhalten: schnelle Flieger im offenen Gelände haben lange, schmale Flügel, langsame Jäger im freien Luftraum haben lange, breite Flügel und langsame, wendigere Flieger in dichter Vegetation haben kurze, breite Flügel.
Fledermaus-Junge kommen nicht mit voll ausgebildeten Flügeln zur Welt, sondern erst nach der Geburt dehnen sich Hautfalten an den Körperseiten aus und die Fingerknochen werden immer länger. Erst weit nach der Geburt können Fledermäuse fliegen.
Das Fliegen ist sehr energieaufwendig: Während eines Jagdfluges kann die Herzfrequenz bis auf 1000 Schläge pro Minute ansteigen (Tagsüber: 40-80 Schläge/min, Winterschlaf: unter 20 Schläge/min).

Beine und Schwanz:

Die Hinterbeine sind bis zum Fuß in die Flughaut einbezogen. Die Füße der Fledermäuse weisen nach hinten, ein besonderer Sehnenmechanismus krümmt beim Hängen automatisch die Zehen, was das Halten ohne Muskelkraft ermöglicht, so dass die Tiere auch im Schlaf (und sogar im Tod) hängen bleiben.

Sinnesorgane:

Die Ohren sind im Vergleich zum übrigen Körper sehr groß (bei einigen Arten fast so groß wie der gesamte Körper), um die zurückkehrenden Ultraschallaute optimal auffangen und analysieren zu können. Dagegen sind die Augen meist recht klein. Fledermäuse können damit jedoch Helligkeitsstufen und Formen problemlos differenzieren. Tasthaare im Gesicht dienen zur Wahrnehmung z.B. von Luftströmungen.

Fell:

Das Haarkleid der Fledermäuse besteht aus dem starren Oberhaar und dem weichen, welligen Unterhaar. Haut und Haare werden mit dem öligen Sekret von Hautdrüsen eingefettet und dadurch elastisch gehalten.

Geschlechtsmerkmale:

Männchen und Weibchen sind sehr gut anhand der Geschlechtsteile zu unterscheiden. Bei den Männchen ist der Penis deutlich sichtbar, während der Paarungszeit auch Hoden und Nebenhoden. Weibchen haben im Bereich der Achselhöhlen ein Paar Brustdrüsen.